Il microbiota intestinale è rappresentato dai microrganismi che popolano il nostro tratto gastrointestinale. 

 Gli studi si sono focalizzati sui batteri ma questo non esclude il fatto che l'intestino sia abitato anche da virus e funghi (gli studi a riguardo sono ancora troppo poco consistenti).

Si è visto che questi batteri convivono con il corpo umano in un rapporto di simbiosi ma, quando l'organismo subisce dei cambiamenti, anche il microbiota si adatta e modica la sua composizione.

Sono stati messi in evidenza alcuni fattori in grado di influenzare questo equilibrio: la genetica, i fattori materni, l'età di gestazione, la modalità del parto, il tipo di allattamento, la nutrizione, l'uso di antibiotici, la latitudine, la stagione, il numero di familiari, i cibi fermentati, gli animali e il ritmo circadiano.